Indirectement, des conférences de Billy Graham ont contribué à ce que Jonathan s’intéresse à la question de l’homosexualité. Nous sommes en 1986. Jonathan s’occupe d’accueillir les personnes interpellées par les prédications du célèbre évangéliste américain. Et cette question lui vient: «Combien d’homosexuels et de toxicomanes se sont avancés en réponse aux appels de Dieu par Billy Graham?». Il faut dire que Jonathan a été choqué, quelques années plus tôt, par la mort d’un musicien qu’il admirait, Klaus Nomi, ravagé par le Sida. Jonathan s’interroge alors: «Comment vais-je réagir si quelqu’un atteint par le Sida vient dans mon Eglise? Je ne crois pas que ma théologie soit à la hauteur de ce défi et je ne suis pas sûr que la plupart des chrétiens que je côtoie soient mieux équipés que moi pour répondre à cette question.»
En 1989, un ami d’enfance est lui aussi contaminé par le VIH, suite à un accident de sport. Cette découverte ouvre un chemin qui aboutira à sa conversion. Une association voit alors le jour, dans laquelle Jonathan s’implique activement: Signe de Vie – Sida. «Il s’agissait d’une formation à l’accompagnement des personnes séropositives, de groupes de parole, de réflexions communes avec d’autres chrétiens concernés, etc.». De fil en aiguille, ce travail conduit Jonathan à rencontrer de plus en plus de personnes de la communauté LGBT (lesbiennes, gays, bisexuels et transgenres).